Родился 2 февраля 1968 года в Новороссийске.

    В 1985 году, по окончании школы, поступил в Минский Государственный институт иностранных языков. Со второго курса был призван в Вооруженные Силы. Служил в морской пехоте Северного флота, в поселке Печенга Мурманской области. Через год после призыва, по рекомендации командования, поступил в Военный институт Министерства обороны на факультет иностранных языков. Окончил в 1992 году.

    В 1993 г. создал и возглавил экспедиторскую компанию «ДЕЛО». Был членом совета директоров Новороссийского морского торгового порта.

     19 декабря 1999 был избран депутатом Государственной Думы РФ третьего созыва от Новороссийского избирательного округа № 41. Работал заместителем председателя Комитета ГД по международным делам. Входил в состав постоянной делегации Федерального Собрания РФ в Парламентской Ассамблее ОБСЕ.

    В период президентской избирательной кампании 2000 года являлся доверенным лицом В.В. Путина.

    В 2003 г. избран депутатом Государственной Думы четвертого созыва от 46 Туапсинского избирательного округа. Является заместителем председателя Комитета по энергетике, транспорту и связи.

    В 1998 году Сергеем Шишкаревым создан благотворительный фонд «Доброе дело», Детская Служба Спасения.

    В поселке Кабардинка (Краснодарский край) С.Н.Шишкарев основал детскую футбольную школу. В 2006 году вместе с народным артистом России Владимиром Васильевым учредил Фонд развития международных гуманитарных проектов имени Лангсдорфа, программа которого предусматривает обучение юных российских спортсменов у бразильских футбольных наставников.

    В 2006 году стал инициатором создания Фонда подготовки кадрового резерва «Государственный клуб».

    Кандидат юридических наук.

    В феврале 2003 года с отличием закончил Российскую Академию Государственной Службы при Президенте РФ, специальность – государственное и муниципальное управление, специализация – финансы, налоги и кредит.

    Со 2 декабря 2007 года - депутат Государственной Думы V созыва, председатель Комитета ГД по транспорту.

    Увлекается футболом, музыкой, рыбалкой и охотой. Входит в состав сборной Государственной Думы РФ по футболу.

    Женат. Воспитывает 5 детей.

    Имеет государственные награды.